Se encuentra en el edificio que albergaba el antiguo Colegio de San Juan, fundado por sacerdotes jesuitas en 1892. El museo presenta cinco salas en las que, en medio de hermosos escenarios, se recrea un hábitat natural para la exhibición de la más espectacular colección de aves disecadas en el país. Aloja más de 2,500 ejemplares de 733 especies que representan el 70% de la avifauna mexicana. Su estilo arquitectónico ecléctico está constituido en tres épocas diferentes: la parte sur del edificio es de la época de la Revolución, la parte central es de la época Virreinal y la parte norte corresponde a la década de 1940. Entre los atractivos de este inmueble destaca su antigua capilla convertida ahora en auditorio, que sirve a la comunidad para presentar conciertos, conferencias, exposiciones culturales así como eventos sociales. Actualmente es considerado uno de los museos más importantes a nivel mundial con una temática de Educación Ambiental dedicada de manera exclusiva a las aves nacionales contando con más de 2.500 ejemplares, que representan un 73 por ciento de la avifauna del país. En su interior, el Museo de las Aves alberga la mayor parte de las especies que se reproducen y residen de manera permanente en México, así como aquellas que lo visitan como parte de su ruta migratoria.