Actualmente el museo cuenta con una programación de exposiciones temporales continuas, que buscan la difusión del patrimonio cultural desde el pasado prehispánico hasta nuestros días. Además, ofrece un programa académico y cultural complementario que lo convierte en un espacio de relevancia en la agenda cultural de Mérida.
Las exposiciones y eventos hacen de este museo un espacio dinámico, que funciona como un puente entre el pasado que es representado en su arquitectura e historia y el presente dinámico en una ciudad como Mérida. El Museo Regional de Yucatán Palacio Cantón fue inaugurado en diciembre de 1959 en un monumento histórico de principios del siglo XX y reinaugurado en 1980.
Se trata de un edificio de arquitectura ecléctica, con detalles clásicos, neoclásicos y del barroco francés. Fue construido a finales del porfiriato por el general Francisco Cantón, gobernador de Yucatán, que lo habitó hasta su muerte. La obra fue dirigida por el arquitecto e ingeniero yucateco Manuel G. Cantón Ramos y el diseño estuvo a cargo del arquitecto italiano Enrico Deserti.
La majestuosidad del inmueble no sólo resalta por sus dimensiones, sino también por los materiales empleados en su construcción: pastillaje en yeso, mármol en varios tonos, finos acabados en los techos, columnas dóricas y jónicas; una bella escalinata tallada en mármol blanco y jardines exteriores.
