El museo cuenta con cuatro salas permanentes y una destinada a exposiciones temporales. La temática aborda esta región ecogeográfica del estado de Chihuahua. Las exposiciones de la sala son: El Desierto Actual, la Edad del Hielo al Período Pleistoceno, Período Cretácico, y Dinosaurios.
El MUDECH, como también es conocido, es tanto museo de historia natural como museo de paleontología. En el Museo del Desierto Chihuahuense (MUDECH) conocerás la historia del Desierto Chihuahuense y sus habitantes a lo largo del tiempo desde la Edad de Hielo. En el interior del museo puedes admirar diversas fotografías del Desierto Chihuahuense.
Contiene la mejor colección paleontológica en el estado de Chihuahua y el norte de México en sus 2,500 m2 de exhibición. Cuenta con piezas originales, con más de 20 réplicas científicas de megafauna y dinosaurios.
Es el primer museo en su tipo en México, en contar con iluminación de bajo consumo, con más del 85% de su iluminación a base de focos LEDs. Cada sala cuenta con música ambiental creada originalmente para este Museo.
El recorrido comienza presentando el tema “El Desierto Actual”, donde conocerás qué es el desierto y quiénes lo habitan, así como información muy completa sobre flora, fauna y sociedad humana.
Después aprenderás la historia contada en sentido inverso, del presente al pasado para responder a la pregunta ¿cómo surgió el desierto chihuahuense?, con representaciones de los grandes habitantes del Período Cretácico, del cual existen abundantes evidencias paleontológicas en territorio chihuahuense, como dos Estegosaurios y dos Dilofosaurios, especies animales provenientes del Período Jurásico.