Construido por la Compañía de Jesús entre los siglos XVII y XVIII. Aquí estuvo el Antiguo Colegio Noviciado de Tepotzotlán, en donde se educaron casi todos los jesuitas de la Nueva España, hasta que la orden fue expulsada de los reinos españoles en 1767.

Dedicado exclusivamente a difundir las diversas manifestaciones culturales, tangibles o intangibles, del período virreinal en México, el museo cuenta con varias exposiciones permanentes relacionadas con la vida religiosa y cotidiana de la época.

Para ello el acervo cuenta con casi 34,000 piezas de entre los siglos XVI y XIX. Ubicado en lo que era el noviciado de Tepotzotlán, el edificio que alberga al museo es en sí una joya.