La principal actividad comercial de Magdalena en Jalisco es la explotación de sus minas de ópalo, actividad que se remonta a los años cincuenta, y que a la fecha refleja el orgullo y el trabajo de los pobladores en un letrero que a la entrada de la ciudad menciona "Bienvenidos a Magdalena, tierra de ópalos". La riqueza natural con que cuenta el municipio está representada por 7,900 hectáreas de bosque donde predominan especies de pino, encino, roble y pirul, principalmente. Sus recursos minerales son yacimientos de ópalo, caolín, cal, arena, cuarzo sílice y talco.